根據相關文獻記載，內門地方先有從路竹大社地方遷來之的馬卡道平埔族大傑巔社（Taburian ）所開墾，後來被台南縣境內，因不堪漢人競爭，而遷移至新舊木柵的西拉雅（Siraya）平埔族新港社（Sincan）、大目降社（Tavacan）人逐出；大目降社（Tavacan）、麻豆社（Mattau）及洪雅（Hoanya）平埔族之哆囉嘓（Dorcko）社人遷入猴坪（今日溝坪地區）。
　　平埔族原本分佈於平原及丘陵地區，由於清領後的「渡台禁令」，嚴禁漢人攜眷來台，漢人紛紛與平埔族婦女通婚 ，清國政府對歸順者稱之為「熟番」，廷並提供「潘、蠻、陳、劉、戴、李、林、穆.....」等五十姓，供其選用。而日本殖民政府則因其分佈於平地，故稱之為「平埔族」。
　　 平埔族因被外來政權入侵而內徙，以台灣南部的平埔族而言，荷蘭時代散居在台南地區；鄭成功政權將之驅趕而內徙， 到了清國政府時代，進而退入 「左鎮」、剛仔林、旗山、木柵（內門木柵）、「溝坪」。

　　內門鄉的平埔族，主要分佈在木柵庄、東勢埔庄北部及溝坪地區較多。木柵地區，是平埔族新港社的遷居地，在漢化後部份子民仍不忘本，在祖先牌位上著新港二字。

■平埔文化的消失

　　由於早期的台灣歷史教育中，只著重於中國史、世界史，而與我們息息相關台灣史；曾經是人們所禁忌的，更別談平埔族的歷史了，平埔族這個弱勢族群，早已失去了自己的母語及傳統文化，大部份人根本不知自己是平埔族人，種族歧視，有些平埔族人根本不承認自己是平埔族人。紛紛改姓漢姓，學習漢人生活習慣，以致平埔族文化在短時間幾乎消失，已經沒幾個人知道台灣許多漢人身上；都流著平埔族人的血。

■平埔公廨及祀壺

　　 如今內門平埔歷史中僅存公廨及祀壺可尋跡，公廨原本是平埔族人重要的議事，交通中心，但由於時間及歷史的變遷，公廨大部份早已漢化失去了原有的功能，僅剩祭祀祖靈而已。內門鄉的木柵及溝坪地區，在鄉間路旁田頭田尾，仍可見大小公廨，也有地名直接以公廨稱之，在金竹村的頂公館有一處地名就稱公廨，早年不知為何如此稱之，直至近年平埔文化有人研究，才知附近有一公廨而得名；公廨中以三塊石板所堆砌成的小公廨最多，但由於漢化及文化失傳緣故，後代子孫已鮮有人知其意義，將它當作土地公廟或有應公廟來祭拜，已失去原有的風貌。

　　祀壺在部分民眾家中仍可見，因喜陰暗忌火所以供奉於牆角，俗稱壁腳佛，除的老一輩的知道祀壺的意義，年輕一代幾乎不知道祀壺是代表什麼了，現代祀壺大都以大小啤酒瓶各一，大瓶稱老君，為男性；小瓶是太祖，為女性。
　　本鄉的東勢埔庄是漢人和新港社民混居地區，大部份是平埔子民，太祖老君的信仰普遍，目前仍祭祀壺甕者有中木仔、望寮、苦苓埔三處，每年三月廿八日為老君生日，六月十六日為太祖生日，祀品有甜米糕、鹼油飯、檳榔、酒、雞、鴨蛋和肉等.....。

■基督教的洗禮

　　在內門平埔子民中，大部份於荷統時期就接受基督教的洗禮，所以要平埔尋根也可從鄉內基督信仰中觀察，在溝坪地區的頂庄（永興教會）及木柵地區各有教堂，而木柵基督長老教會是台灣第三座成立的教堂，創建於西元一八六八年，由於宗教的洗禮及文化的失傳，部分子民根本不知自己來自哪裡了。

　　如今，鄉內各地平埔族後代，逐漸與閩、客相互通婚，無論習俗、長相、信仰已失原有特徵。但其實只要細心的話就可以觀察出來，木柵地區、溝坪一帶很多五官輪廓突出、皮膚黝黑、姓氏特殊的鄉親，例如「買」、「姬」、「力」、「兵」、....；而他們的家外面也設有「十字架」標記，更可以顯示出他們是平埔族，只是以前我們不知到有這段歷史，以為原住民都住在深山裡面，實則不然！

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